Hati Nuku Muhammad Amiruddin marah ketika ayahnya, Sultan Jamaludin, ditangkap Belanda dan dibuang ke Batavia, 1779. Kemarahan, kesedihan, kemudian bercampur dengan kekecewaan lantaran Belanda mengangkat Kaicil Gay Jira sebagai Sultan menggantikan ayahnya. Padahal menurut hukum kesultanan Tidore, raja baru adalah keturunan raja yang lama. Nuku mengasingkan diri, menyingkir, membangun armada kora-kora di sekitar Seram dan Papua. Kerajaan Tidore makin tak karuan ketika Belanda mengangkat Sultan Kamaluddin sebagai raja, adik kandung Nuku yang punya perangai yang tidak baik.